破壁問題
有人認為食用蜂花粉不易被消化，因為成熟的蜂花粉處壁質地堅固，具有耐酸、耐堿和抗生物分解的特性，人的消化液無法破壞這層“盔甲”，不能完全吸收利用花粉中豐富的營養物質，一部分營養物質隨糞便排出，所以開發利用蜂花粉應對其進行破壁處理。破壁的方法主要有發醇破壁法、溫差破壁法和機械破壁法。另一種觀點認為，花粉破壁雖然堅固，但每一蜂花粉粒均具有萌發器官，食用后其營養成分完全可以從萌發孔釋放出來，不會妨礙人們對花粉營養物質的吸收，破壁不破壁并無多大作用，對吸收利用并無多大影響。
權威結論證實，蜂花粉是否需要破壁應根據不同使用目的及加工產品的需要而定，如加工化妝品等外敷產品，還是以破壁花粉為好，使其所含營養成分充分地釋放出來，便于皮膚吸收。此外，嬰幼兒花粉食品使用破壁蜂花粉效果也較好。而成人食用或加工成人食品，就不一定進行破壁，這不但能減少加工環節，而且有花粉壁保護，營養成分不易氧化和破壞，可延長產品存放期及提高使用效果。由此可以斷定，消化能力正常的成年人及青少年完全可以直接食用天然蜂花粉，不必過多考慮破壁問題。
過敏問題
個別人食用花粉后會產生過敏反應，其原因除自身因素外，個別品種的蜂花粉含有一定的過敏物質（一種蛋白質），可對個別人造成過敏反應，故對花粉進行加工時，應對其作脫敏處理。不過，絕大部分品種的蜂花粉并不含有過敏物，市售的蜂花粉產品也大都做過脫敏處理，廣大消費者不要有過多的擔心。據統計，僅有十萬分之一的服用者對蜂花粉有過敏反應。鑒此，在食用沒脫敏處理的天然花粉時，尤其是那些過敏全質者初次食用蜂花粉時，可先嘗食少量（如1～2克），如無大礙時可逐漸增加食用量，做到循序漸進依次遞增，這樣可有效的防范過敏。
滅菌問題
蜂花粉在采收前的花朵上時常有蟲媒采訪，從而遺留下一些蟲卵，加之在收集、干燥及貯存過程中也易遭受細菌感染，故對蜂花粉進行滅菌處理是很有必要的。蜂花粉滅菌方法比較多，主要有乙醇滅菌法、微波爐滅菌法、遠紅外線滅菌法、鉆60輻照法、蜂膠溶液噴灑法、冷凍法、化學試劑法等。平時應用比較多的方法主要有以下幾種，現作簡要介紹。第一，乙醇滅菌法：乙醇滅菌法就是用70%～80%的乙醇噴灑或浸泡蜂花粉，達到均勻即可，該方法簡單，有一定的效果。乙醇的用量和濃度與滅菌效果有直接關系，應根據蜂花粉含水量來確定使用乙醇的濃度。蜂花粉的含水量越高，使用乙醇濃度越高。蜂花粉與75%乙醇以20克/毫升的比例，對細菌滅菌效果較好；蜂花粉與85%乙醇以10克/毫升的比例，對霉菌滅菌效果羅好。第二，微波爐滅菌法；用微波爐處理蜂花粉，其滅菌原理除熱效應用外，光化學效應、電子共軛效應和磁力共軛效應均對細菌有著創傷和滅菌作用，從而達到徹底滅菌的目的，同時可達到干燥的目的，且對蜂花粉有效成分的破壞也很少，具有清潔、安全、迅速等優點。操作方法可參照微波爐使用說明，每次投料不可過多，以500克左右為宜，以低頻1～1.5分鐘為好，反復二次。第三，冷凍法：新鮮蜂花粉在-18℃的低溫下冷凍1～3天，可殺死蠟螟蟲及其他寄生蟲。