盡管蜂蜜具有很強的抑菌和殺菌能力，在生產、加工、包裝及儲運過程中如果不注意衛生要求，也會受到微生物或重金屬的污染，輕者使等級降低，重者有害人體健康，成為廢品。

（1）重金屬污染主要是包裝容器造成的。分蜜機和容器使用前要洗刷干凈。采用無污染的塑料分蜜機。不將蜂蜜存放在金屬分蜜機內。養蜂場用陶瓷大缸或大塑料桶儲存蜂蜜。對塑料涂層鋼桶，在使用前要仔細檢查，不使用涂層脫落的鋼桶。

（2）微生物蜜蜂采集花蜜和釀制蜂蜜時（初級來源），或在采收蜂蜜以后（次級來源），都有可能將微生物引入蜂蜜微。生物的初級來源主要來自花源，包括花蜜、花粉、花朵、塵土、水源、空氣等。花蜜含有極少的微生物，花粉含的微生物較多。來源于花的微生物主要是酵母菌、霉菌。 蜂蜜里微生物的次級來源與其他食品相似，包括操作人員、容器、加工處理場所的塵土、空氣、昆蟲以及水等。如果在蜂蜜里發現大量（每克蜂蜜數千CFU， CFU表示菌落單位）營養型細菌，表明蜂蜜在最近通過次級來源受到了污染。標準的衛生措施和良好的加工技術能夠控制次級污染。 蜂蜜里最容易發生的微生物污染是酵母菌污染：普通酵母菌在未稀釋的蜂蜜中不易使蜂蜜發酵。耐高滲酵母菌（耐糖酵母菌）能夠在高滲透壓下生長，因此，它們甚至能在成熟蜜中生長，很容易使蜂蜜發酵。在含水18%以下的蜂蜜，每克含酵母菌不到1 000個菌體的蜂蜜，在一年內不會發酵。含水18.1%~19%的蜂蜜，要保持一年不發酵，其含酵母菌數就不能超過每克10個菌體。含水量超過19%時，只要每克含數個酵母菌，在適宜溫度下就有發酵的可能。 其次，霉菌和細菌也可能在加工當中污染蜂蜜。

（3）蜂蜜的儲藏 ①蜂蜜宜用陶瓷、玻璃、無毒塑料瓶、不銹鋼瓶等容器密閉儲存。②宜放置于陰涼、干燥、清潔、避光、通風處保存。不與異味物品混存。③每次打開容器食用后，要及時復位密封保存。