蜂群越冬或越夏前，蜂群群勢下降需要從蜂箱中抽出多余的巢脾。抽出的巢脾如果保存不當就會發霉、積塵、產生巢蟲、引起盜蜂，并會影響下一個養蜂季節的生產。保存時應將巢脾分類；全蜜脾和半蜜脾應留作冬季蜜蜂飼料；舊巢脾熔化為蜂蠟；裝有少量貯蜜的巢脾應將蜂蜜搖出，并放回蜂群清理干凈，然后加以保存。巢脾應保存在干燥房間的蜂箱內，蜂箱的四周與接縫都應用紙糊好，防止蠟螟蛾產卵和盜蜂。
巢脾在放到蜂箱后需要用藥物進行熏蒸，以消滅藏在巢脾上的蠟螟蟲卵。用于巢脾熏蒸的主要有二硫化碳和硫磺粉。
(1)二硫化碳消毒法 二硫化碳是一種無色透明、有特殊氣味的液體，在常溫下易揮發，對人體有毒；同時它容易著火，使用時應避免接近火源。二硫化碳熏蒸時可在一個巢箱上放5～6層繼箱，除了最上端的繼箱放8張巢脾之外，巢箱與繼箱均等距離放入10張巢脾。二硫化碳比空氣重，所以要將它放在頂層繼箱，蜂箱一切縫隙都要用紙封嚴，經過15天以后便可達到消毒的目的。
(2)硫磺粉消毒法 在一個巢箱上加5～6個繼箱，巢箱中放入6張巢脾，繼箱等距離放入10張巢脾，然后稱一定量的硫磺粉(每10張巢脾加5克硫磺粉)放入巢箱底部的小碗中，加蓋封嚴。再從巢箱的紗窗中將一塊正在燃燒的木炭放到小碗里，封嚴紗窗。硫磺粉燃燒后產生二氧化硫的有毒氣體進行消毒。為了防止發生燒著巢脾的現象，人必須在硫磺燃盡后方可離開。為了充分消毒，每隔15天應重復進行一次，一共進行3次。經過硫磺消毒過的巢脾，使用前應取出放通風處，直到完全沒有藥味才可使用。
在筆者多年的科學養蜂實踐中，認識到巢脾要根據季節和氣溫情況而注意保存，這也是養好蜂的一條重要措施。從蜂箱里撤出巢脾要裝在空蜂箱里或專裝巢脾的箱子里，脾間留出５－７ｍｍ的距離，以便于空氣流通，要具有防盜蜂、防鼠害、防巢蟲、防灰塵等保管設備和措施。搖完蜜的空脾不準備使用時，必須放入蜂群經蜂清理以后再入庫。巢脾（包括花粉脾）在冬季可以放在－２０℃以上的低溫倉庫保存，但冬季搬動時要注意防止震動，以免震裂巢脾。夏季倉庫溫度１５℃以上時不宜貯放花粉脾，要送到蜂群的隔板外側暫時貯存，對所有巢脾要每隔７－１０天用硫磺熏一次，連續３次，以防止巢蟲繁殖危害。在保存巢脾的過程中，要加強對異常巢脾的處理：１、下痢污染脾。越冬期蜂群下痢，被糞便污染的巢脾，不能直接給蜂群使用，要先將脾上的蜜搖出去，放在鹽水里浸泡消毒，然后用清水沖洗干凈，放在背蔭通風處晾干。２、發酵蜜脾。越冬期因箱內潮濕、巢脾上的未封蓋蜜極易吸水發酵變質，這種蜜脾不適合直接給蜂群做飼料，應將蜜全部搖出來（這種蜜加熱濃縮以后可喂蜂），巢脾要用溫水沖洗干凈，晾干貯存。３、結晶蜜脾。越冬蜜有時結晶在巢脾里，嚴重時成為塊狀